瑠公圳的圳道水路分布，到了日治時期有了重大的轉變，1901年（日治明治34年）實施公共埤圳政策，將私人產權經營的水圳，開始以政府公權力介入來管理水圳。但有些水圳重疊、灌溉效率不佳，於是在1907年（日治明治40年）再實施公共埤圳組合，開始進行水圳整併，其中最早將瑠公圳、霧裡薛圳與上埤等三圳埤，規劃合併組成「公共埤圳瑠公圳組合」。
在景美地區，由景美溪取水灌溉台北盆地西區農田的 霧裡薛圳被整併後，公館以南的主幹線就被廢除，原來圳道被填平為道路，而公館以北的霧裡薛圳系統則被併入瑠公圳水利組合的第二幹線。
之後陸續併入台北盆地各地的灌溉埤塘，改為「瑠公水利組合」，而依1939年瑠公水利組合區域圖其圳道幹線及支線分布如下：
（一）幹線、第一幹線、第二幹線。
（二）支線十二條（興福支線、第一霧裡薛支線、第二霧裡薛支線、第三霧裡薛支線、林口支線、大安支線、東支線、西支線、西新庄子支線、牛埔支線、五份埔支線、舊里族支線）。
